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杀菌锅可以在短时间内进行高温杀菌，从根本上提高了效率。杀菌过程中使用的工艺用水不是一次性的，而是可以多次使用，在一定程度上节约了能源，明显降低了生产成本，增加了利润。杀菌过程中，工艺水不断从多个角度流动，防止杀菌死角现象，保证产品质量。
全自动杀菌锅对于体积较大的产品，可以实现热渗透，保证杀菌效果。而且整个杀菌过程都是按照原来设定的工艺步骤自动完成的，可以防止操作过程中的错误。
购买自动杀菌锅要注意：自动杀菌锅使用方便，但先要制定出合理的杀菌锅操作规程。然而，杀菌规则的制定应由杀菌机构决定，并且必须基于良好的热量分布。杀菌锅的操作规则包括一系列因素，如；初始温度、加热时间、恒温时间等。杀菌锅的操作规程制定后，只需将这些参数（加热、恒温和冷却时间）输入自动控制系统，即可对杀菌锅进行自动控制。整个过程由PLC和触摸屏控制，可以存储杀菌过程。操作人员只需按下启动按钮，杀菌后自动报警。温控精度可达0.1。
主要从温度控制精度和热量分布的均匀性来说，如果产品要求严格的温度，特别是出口产品，因为热量分布非常均匀，所以要尽量选择电脑自动消毒器。电脑半自动杀菌器的温度控制和压力控制与电脑自动杀菌器相同，但价格是电脑自动杀菌器的1/3。一般要求可以选择电动半自动杀菌锅。手动杀菌器很难杀菌，温度和压力控制都是手动完成，食品外观很难掌握，罐（袋）膨胀和破碎率高。
如果产品有气体包装或产品外观比较严格，应选择电脑自动或电脑半自动杀菌器。如果产品是玻璃瓶或马口铁，因为加热和冷却速度可以控制，所以尽量不要选用双层杀菌锅。如果考虑节能的话，可以选择双层杀菌锅，其特点是上锅是热水罐，下锅是处理罐，上锅的热水可以重复使用，可以节省大量蒸汽，适合日产量超过10吨的食品生产企业使用。如果产量小或者没有锅炉，可以考虑使用电动蒸汽杀菌锅。原理是下罐电加热产生蒸汽，上罐杀菌。
